1 (11) декабря 1699 года государь Петр I Алексеевич учредил Андреевский флаг в качестве официального флага Российского военно-морского флота. Главное корабельное знамя Российского ВМФ представляет собой белое, прямоугольное полотнище, пересеченное по диагонали из угла в угол двумя голубыми полосами, которые образуют косой крест. Свой выбор царь объяснил тем, что именно от апостола Андрея Первозванного Русь впервые приняла святое крещение, и он стал её небесным покровителем, и таким образом, Петру хотелось увековечить имя святого.
Символика Андреевского флага имеет глубокие корни. Один из учеников Иисуса Христа был Андрей - родной брат апостола Петра (Кифы, бывшего Симона), покровителя царя Петра I. Согласно Евангелию, оба брата рыбачили на Галилейском озере, то есть имели непосредственное отношение к морю. Андрей был первым призван Иисусом Христом в ученики и поэтому был назван Первозванным. Согласно некоторым источникам, Андрей был направлен для миссионерской деятельности в Скифию (Северное Причерноморье). В ряде русских источниках сообщается о путешествии апостола из Крыма в Рим через Ладогу. Рассказывается, что Андрей сделав остановку на возвышенностях у Днепра, где будет основан Киев, сообщил ученикам, что здесь воссияет благодать Божия и будет основан великий город. Он поднялся на холмы, благословил их и водрузил крест. Затем он посетил и северные земли Руси, удивляясь обычаю славян, которые моясь в банях, били себя «молодыми прутьями», обливаться квасом и ледяной водой. Некоторые источники сообщают о дальнейшем пути апостола Андрея на север, где он поставил крест около нынешнего села Грузино на берегу Волхова, к Ладожскому озеру и посещении острова Валаам. В то же время надо отметить, что многие авторы, в том числе православные церковные историки, ставят под сомнение существование этого путешествия.
Одно известно точно, апостол Андрей прославился как неутомимый путешественник и проповедник христианства. Деятельность миссионера была тесно связана с морем. «Золотая легенда» (собрание христианских легенд и житий святых, написанное в 13 столетии) сообщает о спасении и даже воскрешении 40 путешественников, которые морем направлялись к апостолу, но были погублены штормом (в другом варианте сообщается об успокоении моря молитвой). Этим можно объяснить почитание Андрея Первозванного как покровителя мореходов. Его жизнь была завершена мученической смертью - распятием на косом кресте (который и получил имя апостола).
Почитание в Российском государстве апостола Андрея и особое отношение к нему царя Петра Алексеевича выразилось и в том, что в 1698 году был учрежден первый российский орден - Святого апостола Андрея Первозванного. Основной частью ордена был образ апостола Андрея, распятого на косом кресте. Андреевский орден на голубой ленте до 1917 года оставался главной и самой почитаемой наградой в Российской империи (с 1998 года высшая награда Российской Федерации). Также надо отметить, что символика Андреевского флага шла ещё от отца Петра – царя Алексея Михайловича, который учредил для построенного при нём корабля «Орёл» особый флаг – бело-сине-красное полотнище с двуглавым червлёным орлом.
Став царем, Петр Алексеевич большое внимание уделил разработкам рисунков флага российского флота. Так, в 1692 году было создано два эскиза. Один - с тремя горизонтальными полосами и подписью: «белая», «синяя», и «красная». Второй рисунков - указываются тех же цвета с «наложенным» на них Андреевским крестом. В 1693 и 1695 годы флаг второго проекта был занесен в ряд европейских атласов как «флаг Московии». Надо сказать, что в поисках окончательного варианта военно-морского флага России царь перебрал за два десятилетия около 30 проектов. В августе 1693 года царь Пётр поднял на вооруженной яхте «Св. Петр» флаг из трех горизонтальных полос (белой, синей и красной) с золотым орлом в центре. С этого момента можно проследить развитие военно-морского флага Русском государстве. К сожалению, нет данных о том, под какими стягами ходили ладьи русских воинов в первом тысячелетии нашей эры, плавали суда новгородских купцов и ушкуйников. Хотя можно предположить, что русские боевые стяги были с самой глубокой древности красными.
В 1696 году во время второй осады турецкой крепости Азов русские корабли несли на корме флаг с синим прямым крестом и четвертями белого и красного цветов. Однако уже в следующем году царь Пётр учреждает новый флаг военного флота из трех горизонтальных полос - белой, синей и красной, фактически вернувшись к варианту 1693 года. Под этим флагом отправился в 1699 году в Константинополь с первой официальной дипломатической миссией российского военного флота корабль «Крепость». В то же время русский государь, только что вернувшийся из путешествия в Западную Европу, продолжил поиски рисунка военно-морского флага России. Осенью 1699 года впервые на бело-сине-красном полотнище появляется «андреевский» косой синий крест - знак покровителя Руси апостола Андрея Первозванного. Он же был помещён царем и в белой голове известного с 1697 года трехцветного вымпела, который просуществовал под названием «ординарного» до 1870 года.
В 1700 году царь Петр рассматривает гравюры и чертежи 58-пушечного корабля «Гото Предестинация» («Божье предвидение»). На гравюрах Адриана Шхонебека и на акварели Бергмана боевой корабль изображён с шестью различными флагами! На одном из видов изображён флаг, в полотнище которого последовательно располагаются девять горизонтальных полос белого, синего и красного цветов; на другом - бело-сине-красный флаг с тремя горизонтальными полосами (вариант 1697 года); на третьем — флаг из семи полос, на широкой белой центральной полосе которого размещён чёрный андреевский крест, выше этой полосы узкие белая, синяя и красная, и ниже неё — узкие синяя, белая и красная полосы. Однако царь считает, что флаг 1697 года устарел, а полотнище из девяти полос плохо читается и к тому же очень похож на голландский флаг контр-адмирала. Царя удовлетворяют флаги на чертежах: белый, синий и красный с андреевским синим крестом в верхней четверти флага у древка. Эта система была аналогична принятой в английском флоте. Одновременно были учреждены флаги галерного флота, отличавшиеся от корабельных флагов наличием косиц (концы флага в виде прямоугольных треугольников). Кроме того, на мачтах кораблей стали поднимать белые, синие и красные вымпелы, в белой голове которых помещался синий андреевский крест. Синий и красный флаги и вымпелы, которые иногда отменяли, и вновь вводили в обращение, в целом они просуществовали до 1865 года. Белый флаг получил новый рисунок уже в 1710 году – синий андреевский крест был перемещён в центр полотнища и словно висел в нём, не касаясь концов флага. Привычный нам образ Андреевский флаг принял в 1712 году: белый флаг с синим Андреевским крестом. В такой форме этот флаг просуществовал в Военно-морском флоте России до ноября 1917 года.
С 1720 года на бушприте кораблей флота России стали подниматься гюйс - специальный флаг, который ранее использовали как флаг морских крепостей и именовавшийся «кейзер-флаг». Красное полотнище пересекал не только косой синий крест, но прямой белый крест. Считается, что, он появился в 1701 году. До 1720 года корабли России несли в качестве гюйса уменьшенную копию кормового флага. Слово «гюйс» имеет интересную историю: оно происходит от нидерландского «гёз», то есть нищий. Так в 16 столетии называли восставших против испанского владычества жителей Нидерландов. Самая большая группа гёзов воевала на море («морские гёзы») и впервые стала применять этот флаг.
Гюйс, флаг морских крепостей.
Главенство белого флага, с синим Андреевским крестом, было окончательно закреплено в Уставе 1797 года: «Если корабли никуда не причислены, несут белые флаги». В то же время корабли русского Черноморского флота от его основания до 1918 года плавали только под белыми андреевскими флагами. Цветные – синие и красные флаги, были отменены в правления Анны Иоанновны и Екатерины Великой. В крыжах (верхняя четверть флага у древка) синего и красного флагов с 1797 по 1801 годы (во время правления Павла Петровича) расположили не андреевский флаг, а гюйс, который для императора Павла I, который с детских лет носил звание генерал-адмирала, имел особенное значение как личный знак. Надо отметить, что именно государь Павел Петрович превратил старые флаги и знамена из предметов вещевого довольствия в военные реликвии. Кроме того, при государе Павле некоторые русские корабли некоторое время поднимали красный с белым крестом иоаннитов флаг. Этот флаг был создан как кормовой знак мальтийских эскадр созданных новоиспеченным главой Мальтийского ордена. 16 декабря 1798 года Павел I был избран великим магистром Ордена св. Иоанна Иерусалимского и планировал создать флот базирующийся на Мальте, для обеспечения интересов Российской империи в Средиземном море и на юге Европы. Флаг был упразднен после смерти Павла Петровича.
В 19 столетии в Российской империи появятся ещё несколько новых кормовых флагов. Так, ещё в 1797 году корабли Морского Кадетского корпуса получили специальный кормовой флаг, где в центре Андреевского флага в красном овале был помещен герб учебного заведения. А на грот-мачте суда этого учебного заведения стали поднимать «ординарные» вымпелы с трехцветными косицами. С 1827 года корабли учебных морских экипажей получили право поднимать особенный флаг, где было изображение пушки и якоря (они также размещались в красном овале). Получили свои кормовые флаги и гидрографические суда русского императорского флота. В 1828 году был учреждён флаг «для лоции», на андреевском флаге в центре располагался рисунок чёрной катушки компаса с золотым якорем, указывающим на север. Правда, уже в 1837 году этот флаг был заменён учреждённым в 1829 году флагом генерал-гидрографа. Он имел ту же чёрную катушку компаса, но в синем небольшом крыже. Кроме того, в 1815-1833 гг. существовал и кормовой флаг для кораблей Висленской военной флотилии (Флаг военных судов Царства Польского). Это был андреевский флаг с небольшим красным крыжем, в котором расположили белого польского орла. Данный флаг был отменён после поражения Польского восстания 1830-1831 гг.
Флаг Генерал-гидрографа Генерального штаба. Флаг судов, для лоции предназначенных.
Вспомогательные суда военно-морского флота Российской империи до 1797 года несли на корме трёхцветный флаг, а на бушприте гюйс. С 1794 по 1804 год вспомогательные суда отличались военным вымпелом. А с мая 1804 года получили специальный флаг с белым или синим полотнищем, с крыжем национальных цветов (бело-сине-красный) и перекрещенными якорями под ним. Кроме того, вооружённый транспорт одновременно нёс военный вымпел. Все эти флаги были отменены в 1865 году.
Георгиевский вымпел - трехцветный вымпел с андреевским флагом в голове, на центр креста которого наложен красный щит с образом покровителя военных св. Георгия Победоносца, был учреждён в 1819 году. Он стал отличать гвардейский экипаж, который заслужил эту честь в сражении города Кульм в 1813 году. Другими отличиями, которые выделяли высших должностных лиц, были георгиевский адмиральский флаг (он имел полотнище андреевского флага, но с красным щитом Георгия Победоносца), георгиевский брейд-вымпел и шлюпочный флаг контр-адмирала. Кроме того, во время русско-турецкой войны 1828-1829 гг. в боях с турками особенно отличились 74-пушечный линейный корабль «Азов (герой Наваринского сражения) и 18-пушечный бриг «Меркурий» (одержал победу над двумя турецкими линейными кораблями), они были отмечены адмиральскими георгиевскими флагами, которые поднимали как кормовые. За всю последующую историю Российской империи более ни один военный корабль русского флота не получил такой награды.
С развитием страны происходили изменения и во флагах военно-морского флота. В 1865 году по причине ненадобности были отменены синие и красные флаги и вымпелы. Также отменили и все, кроме андреевского, кормовые флаги. В 1870 году шлюпочные флаги стали стеньговыми флагами адмиралов, был ликвидирован «ординарный» вымпел, под которым плавали корабли, не причисленные к какой-либо части. Георгиевский вымпел получил вместо трехцветных, белые косицы. В этом же году кормовым флагом вспомогательных судов Военно-морского флота России стал синий флаг, который имел изображение андреевского флага в крыже. Кроме того, по мере развития вооруженных сил, появляются флаги судов морских крепостей, новые флаги должностных лиц, судов отдельных частей, кораблей отдельного Корпуса пограничной стражи, флаги морской авиации.
Революция 1917 года принесла новые символы. Рядом с андреевскими флагами стали поднимать красные полотнища. С весны 1918 года подъём андреевского флага на кораблях Советской России был прекращён. В конце 1924 года андреевские флаги были спущены и на кораблях флота белых в Бизерте (корабли были заложены французам, те их вскоре «пустят на иголки»). Гюйс и крепостной флаг, с некоторыми изменениями - в центральной части полотнища в белом круге изображалась красная звезда с серпом и молотом посередине, просуществовали до 1932 года. Кроме того, во время Второй мировой войны символику Андреевского флага использовали коллаборационистские части генерала Власова.
17 января 1992 года, правительством России была принята резолюция, которая возвратила Андреевскому флагу статус Военно-Морского флага России. В результате дореволюционные Андреевский флаг и гюйс были восстановлены в ВМФ России и действуют до настоящего времени.