14 августа 1775 г. по указу российской императрицы Екатерины II была окончательно упразднена Запорожская Сечь. После воссоединения значительной части Малой Руси с Русским государством в 1654 году на Запорожское войско были распространены привилегии, которыми пользовались другие русские казачьи войска. Запорожское казачество играло важную роль. Казаки защищали южные рубежи России, играли видную роль в войнах с Крымским ханством и Османской империей. Поэтому запорожцы сохранили определенную автономию от центральной власти. Однако казаки укрывали беглецов, прятавшихся на Запорожской Сечи от преследования царских властей. Кроме того, была опасность мятежа против центра, союза с внешними врагами России.
Так, в 1709 году кошевой атаман Кость Гордиенко и гетман Мазепа подписали союзнический договор со шведским королем Карлом XII. Запорожская Сечь присоединилась к союзу Мазепы и Карла против России. Произошло несколько стычек запорожцев с русскими войсками. Петр отдает приказ князю Меншикову двинуть из Киева на Сечь три полка под началом полковника Яковлева с тем, чтобы «истребить всё гнездо бунтовщиков». Сечь была разрушена, и позднее Петр не позволял восстановить её. Казаки основали на землях, подконтрольных туркам и крымским татарам, Каменскую (1709—1711 гг.) и Алешковскую Сечи (1711—1734 гг.). Однако они просуществовали недолго.
В 1733 году, когда после начала войны Российской империи с Турцией крымский хан приказал запорожцам Алёшковской Сечи идти к русской границе, генерал Вейсбах (он в это время занимался устройством украинской линии крепостей) вручил казакам грамоту в урочище Красный Кут, в 4 верстах от старой Чертомлыцкой Сечи. Казаки получили грамоту государыни Анны Иоанновны о помиловании и принятии в русское подданство. В результате была создана Новая (Подпольненская, или Пидпильнянская) Сечь, она просуществовала до окончательного уничтожения Запорожской Сечи в 1775 году.
Новая Сечь сильно отличалась от старой. Она стала не только военным, но хозяйственным, политическим организмом. Казаки получили полное самоуправление и земли для поселения. Появились новые структуры – «паланки». Это были своего рода «провинции» Сечи на Самаре, Миусе, Буге, Ингульце и т. д. Каждая паланка управлялась полковником, есаулом и писарем, которые подчинялись Кошу. Именно земли стали главным источником дохода казаков, а не жалованье. В окрестностях Сечи селились «зимовчаки» - женатые казаки, они не имели ни права голоса на раде, ни права избрания на должности и были обязаны уплачивать в сечевую казну «дымовое», т. е. своего рода налог с семьи. Кроме женатых казаков, так стали называть и пришлый люд (в основном крестьяне, беднота, искавшие лучшей доли), который прибывал из великороссийских губерний, Правобережной Украины, турецких владений. Они не считались казаками, а были подданными Сечи, поставляли продовольствие и платили 1 рубль в год. Жители Сечи жили за счёт рыболовства, охоты, скотоводства, земледелия и торговли. Старшина получал доход от пошлины за ввоз товаров, владения землями, пастбищами, ловами.
Казаки подчинялись только своим законам, по мелким делам судились в паланках, по значительным - у кошевого. Преступника могли выдать имперским властям, но чаще всего карали сами, вплоть до смертной казни. Сечь быстро стала одной из процветающих областей России. Паланки покрылись деревнями, хуторами.
Однако в Сечи существовали и серьёзные противоречия между старшиной и голотой. Так, царское правительство практически сразу нарушило обязательство выдавать ежегодно Сечи 20 тыс. рублей жалованья. Уже с 1738 года стали давать только 4-7 тыс. Остальные деньги предписали выплачивать из армейских фондов, но они были пусты. В результате власти стали хитрить – выдавали «публично» 4 тыс. рублей, остальные деньги передавали тайно старшине, куренным атаманам. Однако казаки быстро об этом прознали: в 1739 г. кошевого Тукала и старшин свергли, избили и разграбили их имущество (кошевой был так сильно побит, что вскоре умер). В дальнейшем старшины продолжали богатеть. В частности, кошевой Калнышевский однажды продал 14 тыс. лошадей из своих табунов. Рядовые же казаки бедствовали, все льготы шли в пользу старшины.
Рядовые казаки трудились на старшину, рыбачили, развилось и «гайдамацтво», т. е. разбой. В низовьях Буга сходились русские, турецкие и польские границы, что помогало скрыться после грабежа. В 1750-1760-е годы гайдамачество стало настоящим бедствием этого района. Люди просто боялись ездить через Побужье. Из Турции и Польши сыпались жалобы на запорожцев. Указания имперских властей просто «спускались на тормозах». Промысел был весьма выгодным, и в доле были многие старшины и администрация паланок. Когда в 1760 году под давлением российских властей кошевой Белецкий организовал рейд по поимке разбойников, смогли арестовать только 40 человек. Да и то куренные атаманы запретили их выдавать, разобрали по куреням и после покаяния отпустили. Когда русское военное командование установило патрулирование границы регулярной кавалерией и слободскими казаками, начались вооруженные стычки.
Возникла и ещё одна причина конфликта Сечи с центральной властью. В этот период шло активное освоение ранее пустующих областей Дикого Поля и запорожцы стали отстаивать свои «законные» земли. Они основывали свои претензии на фальшивке – «копии с грамоты Стефана Батория», который якобы даровал им земли у г. Чигирин, по Самаре и Южному Бугу, Левобережье Днепра до Северского Донца. А поскольку русские государи, начиная с Алексея Михайловича, подтверждали «прежние запорожские вольности», само слово «вольности» стали трактовать в территориальном смысле. Запорожцы, отстаивая свои «законные» земли, не останавливались и перед применением силы. Они сожгли несколько новых поселений, селян разгоняли. В результате запорожцы просто-напросто обнаглели, бросая вызов центральной власти. Однако при Елизавете и гетмане Разумовском это им сходило с рук.
При Екатерине II ситуация изменилась. Она всерьёз занялась делами разболтавшейся Украины. В 1763 году гетман Разумовский, который намекал о наследственном статусе своего поста, подал в отставку «по собственному желанию». Малороссийская коллегия была восстановлена. Её президентом был назначен генерал П. А. Румянцев. Он застал на Украине картину полного развала. Войсковая верхушка, управлявшая от имени Разумовского, совершенно отбилась от рук. Старшины превратились во всемогущих вельмож, настоящих местных «князьков». Они дошли до того, что воевали с друг другом, оспаривая земли, вооружая казаков и крестьян. Население подвергалось нещадной эксплуатации. Рядовые казаки или разорялись, превращаясь в батраков, или занимались личным хозяйством. Отрицательным образом на войске сказался указ 1721 года о поощрении казачьего винокурения. Многие люди спились, другие пропили свои земельные участки. В результате Малороссийское войско разложилось. Румянцев не мог организовать даже почту: богатые служить не хотели, бедные не имели возможности.
Пришлось принять меры для восстановления боеспособности местных войск. В 1764 году начали преобразовывать казачьи части в регулярные. Из украинских полков создали 5 гусарских: Черный, Жёлтый, Голубой, Сербский и Угорский. Кроме того, создали четыре пикинерских полка (Елисаветградский, Днепровский, Донецкий и Луганский). Позднее создали ещё несколько гусарских полков и ландмилицию переформировали в пехотные части. В целом Украина должна была утратить свой особый статус и быть уравнена с другими российскими губерниями. Сечь в этих планах была серьезным препятствием.
Было обращено внимание и на «государство в государстве» - Запорожскую Сечь. В 1764 году Кош был подчинён Малороссийской коллегии. Запорожской администрации приписали больше не проводить выборов. Казаки возмутились и наперекор указанию провели новые выборы, избрав кошевым Калнышевского. Новый кошевой самовольно отправился в Петербург, чтобы потребовать прямого подчинения Иностранной коллегии и поднять вопрос о «законных» запорожских землях. Румянцев предложил императрице арестовать делегатов. Был составлен проект реформирования Сечи. Однако Екатерина не пошла на жесткие меры, приближалась новая война с Турцией, осложнять обстановку на юге не хотели. Императрица приняла делегацию милостиво. Это воодушевило казаков, вернувшись на Сечь они стали хвастать тем, что «напугали» правительство.
В 1767 году поступил донос, что кошевой Калнышевский и писарь Иван Глоба договариваются вступить в переговоры с турецким султаном, если правительство не выполнит их требования. Екатерина оставила донос без последствий, но участь Сечи была уже предрешена. Решение проблемы только отложили до завершения войны с Османской империей.
Руководство Сечи само усугубляло свое шаткое положение. Оно не только бросало вызов российским властям, но и вступило в контакт с Крымом и Турцией. В преддверии войны казаки получили письма из Бахчисарая и Стамбула, в них их соблазняли возможностью перехода на службу к Турции, обещая тройное жалованье. Сечь от имени султана посетил французский эмиссар Тотлебен. Калнышевский туркам отказал, но переписку не прервал. К тому же он разрешил Тотлебену выступить перед казаками и не выдал его Румянцеву. В казачьей массе пошёл разброд. Когда в декабре 1768 года казаки получили указание начать войну с Турцией, они взбунтовались. Калнышевскому пришлось не только подавлять мятеж, но просить помощи у русского гарнизона из Новосеченского ретраншемента. Волнения продолжались несколько месяцев, казаки покинули границы, и татары в январе 1769 года прорвались на Украину.
В русско-турецкой войне 1768-1774 гг. приняло участие 10 тыс. запорожцев (ещё около 4 тыс. оставалось на территории Сечи). В войне они показали высокие боевые качества, отличались в разведках и рейдах, сыграли важную роль в битвах при Ларге и Кагуле. Победа в этой войне стала ещё одним поводом для ликвидации Запорожского войска. С заключением Кючук-Кайнарджийского соглашения Российская империя получила выход к Чёрному морю, была создана Днепровская оборонительная линия, Крымское ханство было на грани уничтожения. Второй исторический враг России — католическая Польша, утратила свою мощь, и в 1772 году произошел её первый раздел. Запорожское казачество утратило свою роль защитников южных рубежей.
В мае 1775 года к Сечи был двинут корпус генерала Петра Текели. Операция была бескровной. Старшины, поняв, что сопротивление бессмысленно, вместе со священниками утихомиривали рядовых казаков. По указу Екатерины Запорожская Сечь упразднялась. Рядовые казаки не подвергались преследованиям. Одни остались на Украине и осели по селам и городам. Часть командиров получили офицерские чины, старшины стали дворянами. Только трое запорожцев – Калнышевский, войсковой судья Павел Головатый и писарь Глоба были осуждены по обвинению в измене и сосланы в монастыри. Калнышевский прожил в Соловецком монастыре до 112 лет и умер в 1803 году, приняв монашеский сан.
Часть казаков ушла на Дунай под власть турецкого султана и создана Задунайскую Сечь. В 1828 году задунайские казаки перешли на сторону русской армии и были помилованы лично государем Николаем I. Из них было создано Азовское казачье войско. В России, в условиях войны с Турцией, Александр Суворов в 1787-1788 гг. из казаков бывшей Сечи и их потомков организовал «Войско верных Запорожцев». В 1790 году оно было преобразовано в Черноморское казачье войско и затем получило территорию левобережной Кубани. Казаки приняли активное участие в Кавказской войне и других войнах Российской империи.